Dentro del proyecto INDEMARES no estaban previstas campañas oceanográficas en esta zona para la inventariación de Cetáceos. Pero SUBMON, al igual que en el Cañón de Creus está desarrollando el proyecto complementario a INDEMARES de conservación, estudio y divulgación del medio marino: “Actuaciones complementarias al LIFE INDEMARES de inventario de tortugas marinas y cetáceos en las tres áreas marinas propuestas para la Red Natura 2000 en el Mediterráneo Nor-Occidental”, que pretende completar el inventario de cetáceos y tortugas marinas en el Mediterráneo Nor-occidental, así como conocer su distribución y su uso del espacio. Hasta el momento se ha realizado una campaña en el Canal de Menorca.

Esta campaña se realizó del 26 de julio al 1 agosto de 2010, a bordo de una embarcación del Govern de Balears de 8,5 m de eslora con el objetivo de inventariar los cetáceos en el área del Canal de Menorca.

Conjuntamente con la Secretaría de Pesca del Govern Balear, se han realizado una serie de transectos lineales así como toma de muestras de tejido de delfín mular, con el fin de evaluar tipos de interacción pesquera. Se ha realizado un crucero de avistamiento con transectos predefinidos con un moto-velero de 15 metros, en el que dos observadores, situados uno en una cota elevada a 4 metros sobre el nivel del mar y otro a pie de cubierta han estado realizando el esfuerzo de búsqueda de cetáceos. Durante los transectos se han recogido cada 20 minutos el estado de distintos datos ambientales que puedan influir en la detección de los animales. Para el transecto acústico se ha dispuesto de un hidrófono bicanal de arrastre, de 200 metros que ha sido arrastrado desde la popa de la embarcación a una velocidad media 6-7 nudos. La cadena de registro se ha efectuado a través de un amplificador y de un convertidor de señal analógica a digital, así como un filtro de baja frecuencia y un ordenador, que con un software especializado ha interpretado los sonidos producidos por cetáceos.

Debido a la mala meteorología, no pudieron cubrirse todos los días de muestreo que estaban programados. El total de millas navegadas fue de 229,48 Mn, de las cuales se realizaron con esfuerzo efectivo un total de 114,36 Mn. Al finalizar la campaña se habían cubierto  211,5 km. de esfuerzo efectivo dentro del área, con una superficie de 2.461  km2. Durante los tres días de navegación pudieron observarse dos grupos de delfín mular, uno de 5 individuos y el otro de 3, ambos con crías o subadultos. Los avistamientos fueron en ambos casos de larga duración, pudiéndose fotografiar casi todos los individuos. La única especie observada en la zona ha sido el delfín mular, que es la especie más común en las Islas Baleares, donde, en general, se concentra la mayor densidad de delfín mular del Mediterráneo nord-occidental. No obstante otras especies habían sido vistas en otras ocasiones, como rorcuales, o algún delfín común.