Los altos costes y complejidad asociados a la realización de inventarios en zonas alejadas de la costa y a grandes profundidades dificultan la disponibilidad de información científica sobre hábitats y especies. El Proyecto INDEMARES perseguía mejorar el conocimiento de nuestros fondos lo que llevaría a la conservación de aquellos lugares en base a la información obtenida. Las campañas se dirigieron a conocer la geología, la oceanografía, hábitats y especies de las áreas propuestas, incluyendo, además, el análisis de la influencia antropogénica. Para la realización de las campañas oceanográficas, entre otros, se usó un sumergible tripulado que permitía la grabación de imágenes con una profundidad límite más allá de los 400 metros gozando de gran maniobrabilidad al no estar conectados al buque mediante cables. Además, su brazo articulado permitía tomar muestras a demanda en función de la inmersión.
Se realiza una inmersión virtual a bordo del submarino Jago en aguas del Cabo de Creus. La inmersión empieza sobre la cubierta del buque oceanográfico B/O García del Cid, donde se puede observar a los operarios del barco preparando la maniobra de entrada al agua. Una vez el submarino queda liberado por completo del buque, empieza la inmersión sobre la plataforma continental. Se desciende rápidamente hasta los 100 metros de profundidad, donde se puede observar como se va reduciendo la cantidad de luz a medida que se desciende. Los fondos de la plataforma continental son por lo general de tipo fangoso o arenoso, pero aquellas zonas donde la roca madre aflora son rápidamente colonizadas por diferentes especies de organismos bentónicos. Este es el caso de los campos de gorgonias que existen en el cabo de Creus, donde la diversidad de especies asociada es altísima. Más allá de las praderas de gorgonias, se han observado también extensas agregaciones de estrellas de mar del género Ophiothrix, que buscan en este tipo de comportamiento incrementar su capacidad reproductora, a la vez que protegerse mejor de los depredadores. A medida que el submarino desciende por las paredes verticales del cañón de Creus, se puede apreciar un cambio en la fauna dominante, entre la que destaca los corales de aguas frías de la especie Madrepora oculata. Estos corales calcáreos son fáciles de identificar gracias a su color blanco, que les da un carácter especial. El papel ecológico que desarrollan es de especial importancia en estas zonas del talud continental, ya que las estructuras que generan proporcionan refugio a un gran número de especies, entre las que destacan larvas de peces y crustáceos. Esta función de guardería o nursery, a su vez, atrae un gran número de depredadores, favoreciendo así unos altos índices de biodiversidad. Llegados al punto más profundo de la inmersión, más allá de los 300 metros, se pueden observar peces de morfologías muy peculiares, como es el caso del pez sable, con un cuerpo fino y alargado muy característico. De vuelta a la plataforma, aparecen de nuevo los fondos blandos de arena, que suelen estar colonizados por lirios de mar de la especie Leptometra phalangium, así como por plumas de mar mayoritariamente de la especie Pteroeides spinosum.  Son también habituales los corales blandos, entre los que destacan las manos de muerto de la especie Alcyonium palmatum. En aquellas zonas donde la roca aflora, la fauna dominante en los fondos de arena se ve sustituida por otros grupos. Este es el caso de las agregaciones de esponjas de diversas especies, muchas de ellas complicadas de identificar a través de la imagen. Es por ello que se utiliza el brazo articulado del submarino para recoger un ejemplar que luego será identificado en el laboratorio por parte de taxónomos especialistas. Una vez se ha recogido la muestra, se decide dar por terminada la inmersión y empezar el ascenso hasta superficie, donde la tripulación del barco llevará a cabo la maniobra para subir de nuevo el submarino a la cubierta del buque.